Genelkurmay Başkanlığı
ile şübe sayısı altıya indirildi. 1890 yılında Maiyet-i Seniye Erkan-ı Harbiyesinin Padişah Genelkurmayı kurulması üzerine, Erkan-ı Harbiye-i Umümiye Dairesi yeniden Seraskerliğe bağlandı. 1908 yılında ikinci Meşrütiyetin ilanından sonra, Padişah Genelkurmayı kaldırılmış ve Seraskerliğin adı da Harbiye Nezareti olarak değiştirilmiştir. Bu değişiklikler sırasında Erkan-ı Harbiye-i Umümiye Dairesi yeniden düzenlenmiş ve 1922 yılına kadar istanbulda çalışmalarını sürdürmüştür.
Ankarada Büyük Millet Meclisinin açılışından sonra 2 Mayıs 1920 tarih ve 3 sayılı Kanunla Müdafaa-i Milliye Vekaletinden ayrı olarak bağımsız bir Erkan-ı Harbiye-i Umümiye Vekaleti kurulmuş ve bu şekli ile 1924 yılına kadar çalışmıştır.
Genelkurmay Başkanlığı, Cumhuriyetin ilanından günümüze kadar üç dönem geçirmiştir 1924-1944 dönemi Erkan-ı Harbiye-i Umümiye Vekaleti 3 Mart 1924te kaldırılmış, Erkan-ı Harbiye-i Umümiye Riyaseti adıyla, vazifesinde bağımsız, bir yüksek askeri makam olarak çalışmalarını sürdürmüştür. Bu dönemde, bir planlama organı olarak iki daire ve on iki şübe halinde yeniden düzenlenmiştir.
1944-1949 dönemi Erkan-ı Harbiye-i Umümiyenin, ülkenin savaşa hazırlanması bakımından bütün devlet teşkilatının çalışmalarıyla yakından ilgili teknik bir uzmanlık kurulu olduğu gözönünde tutulmuş ve Türkiye Büyük Millet Meclisine karşı sorumlu olarak Başbakanlığa bağlanmıştır.
1949 sonrası Yeni adıyla Genelkurmay Başkanlığı 1949da çıkarılan bir kanunla doğrudan doğruya Milli Savunma Bakanlığına bağlanmış, 1961 Anayasası yürürlüğe girinceye kadar bu bakanlığa bağlı olarak çalışmıştır. Bu dönemde Genelkurmay Başkanlığının teşkilatı daha da geliştirilmiş ve hemen hemen günümüzdeki şeklini almıştır. Buna göre, Genelkurmay Başkanı, Silahlı Kuvvetlerin komutanı olup, Bakanlar Kurulunun teklifi üzerine, Cumhurbaşkanınca atanır görev ve yetkileri kanun ile düzenlenir. Genelkurmay Başkanı, bu görev ve yetkilerinden dolayı Başbakana karşı sorumludur.
Genelkurmay başkanlığının görevleri
Silahlı Kuvvetleri savaşa hazırlamak için personel, harekat, istihbarat, teşkilat, eğitim, öğretim ve lojistik hizmetlerine ilişkin prensipler ve öncelik ile ana programları belirler. Bu hizmet ve görevlerin, Kara, Deniz, Hava Kuvvetleri Komutanlıkları ve Genelkurmay Başkanlığına bağlı kuruluşlarca uygulanmasını sağlar. Personel hizmetlerini özel kanuna göre yürütür. Lojistik tedarik hizmetleri için
belirlemiş olduğu programları, bu hizmetleri yürütecek olan Milli Savunma Bakanlığına bildirir. Milletlerarası askeri antlaşma ve sözleşmelerin askeri yönlerinin belirlenmesinde görüşünü bildirir ve gerektiğinde toplantılarda temsilci bulundurur. Görev ve yetkilerine ilişkin konularda ilgili bakanlık, daire ve kurumlarla gerekli temasları sağlar.
Genelkurmay Başkanlığı görevlerini şu temel başkanlıklarla yürütür Personel, istihbarat, Harekat, Lojistik, Genel Plan Prensipler, Muhabere-Elektronik, Askeri Tarih ve Stratejik Etüt, Değerlendirme-Denetleme, Sıkıyönetim Koordinasyon Başkanlıkları.
1. Mareşal Fevzi Çakmak ………….. 29.10.1923-12.1.1944
2. Org. Kazım Orbay …………………….. 12.1.1944-1.8.1946
3. Org. Salih Omurtak …………………….. 1.8.1946-8.6.1949
4. Org. A.Nafiz Görkan …………………. 10.6.1949-6.6.1950
5. Org. Nuri Yamut ………………………. 6.6.1950-10.4.1954
6. Org. Nurettin Baransel……………… 25.5.1954-25.8.1955
7. Org. i.Hakkı Tunaboylu ………….. 25.8.1955-10.10.1957
8. Org. Feyzi Mengüç ……………….. 11.10.1957-22.8.1958
9. Org. M.Rüştü Erdelhun ……………. 23.8.1958-27.5.1960
10. Org. Cemal Gürsel …………………. 27.5.1960-3.6.1960
11. Org. Ragıp Gümüşpala ……………… 3.6.1960-4.8.1960
12. Org. Cevdet Sunay …………………. 4.8.1960-15.3.1966
13. Org. Cemal Tural…………………… 15.3.1966-16.3.1969
14. Org. Memduh Tağmaç ………….. 16.3.1969-29.8.1972
15. Org. Ö. Faruk Gürler ……………….. 29.8.1972-6.3.1973
16. Org. Semih Sancar …………………… 6.3.1973-6.3.1978
17. Org. Kenan Evren …………………….. 7.3.1978-1.7.1983
18. Org. Nurettin Ersin…………………… 1.7.1983-6.12.1983
19. Org. Necdet Üruğ …………………… 6.12.1983-2.7.1987
20. Org. Necip Torumtay ……………… 25.7.1987-3.12.1990
21. Org. Doğan Güreş………………………………4.12.1990